Xã Khánh Phú nằm trên quốc lộ 10 và bên sông Đáy, có cảng Ninh Phúc là cảng đầu mối của khu vực và khu công nghiệp Khánh Phú. Xã có nền kinh tế phát triển nhất huyện Yên Khánh, ngang tầm với thị trấn Yên Ninh.[cần dẫn nguồn]

Khu công nghiệp Khánh Phú [1] (thuộc xã Ninh Phúc, thành phố Ninh Bình và xã Khánh Phú, huyện Yên Khánh). Tổng diện tích đất phát triển 334 ha (giai đoạn I: 171,16ha, giai đoạn II: 168ha), trong đó đất xây dựng nhà máy là 231,54ha. Dự kiến các loại hình sản xuất chủ yếu: Đạm 56 vạn tấn/năm, than (sàng tuyển) 300.000/năm; Bốc hàng hoá 1,1 tr tấn/năm; Đóng, sửa chữa tàu thuyền.

Chợ Vệ - Thôn Phú Tân - Xã Khánh Phú là một trong 8 chợ ở Yên Khánh trong danh sách các chợ loại 1, 2, 3 ở Ninh Bình. Chợ Vệ là chợ loại 2, sau chợ Rồng là chợ lớn nhất ở Ninh Bình.

Theo điều chỉnh quy hoạch mở rộng thành phố Ninh Bình[2] đến năm 2030 và tầm nhìn đến năm 2050 thì xã này sẽ nhập về thành phố Hoa Lư (hiện tại gồm thành phố Ninh Bình, thành phố Tam Điệp, huyện Hoa Lư và một số xã khác) để trở thành đô thị loại I.

Hợp tác xã nông nghiệp Khánh Phú đã được công nhận Anh hùng lao động[3] ở Ninh Bình.